R深度学习:安装DEP包报错的解决方法
1: In install.packages(...) : 安装程序包‘ncdf4’时退出狀態的值不是0
2: In install.packages(...) : 安装程序包‘mzR’时退出狀態的值不是0
3: In install.packages(...) : 安装程序包‘MSnbase’时退出狀態的值不是0
4: In install.packages(...) : 安装程序包‘DEP’时退出狀態的值不是0
5: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl, :
安装程序包‘textshaping’时退出狀態的值不是0
6: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl, :
安装程序包‘ragg’时退出狀態的值不是0
7: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl, :
安装程序包‘tidyverse’时退出狀態的值不是0
用BiocManager::install("DEP")命令安装DEP出现上面的报错,如何解决呢?
第一步、解决安装程序包‘ncdf4’时退出狀態的值不是0
先是终端输入下面的命令:
sudo apt-get install libnetcdf-dev
之后rstudio输入下面的命令:
install.packages("网址自己找://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ncdf4/ncdf4_1.17.tar.gz",repos = NULL,type = "source")
看下图,解决了“安装程序包‘ncdf4’时退出狀態的值不是0”的问题了:
第2步、解决 “安装程序包‘mzR’时退出狀態的值不是0”
Rstudio输入下面的命令回车:
BiocManager::install("mzR")
但询问你Update all/some/none?的时候,选择a:
安装上面的步骤就能成功解决mzR的报错问题。
第3步、安装程序包‘MSnbase’时退出狀態的值不是0
Rstudio输入下面的命令回车:
BiocManager::install("MSnbase")
可以成功解决安装程序包‘MSnbase’时退出狀態的值不是0的问题,见下图:
第4步、安装程序包‘textshaping’时退出狀態的值不是0
我发现,无法在Rstudio里面,用下面的命令解决问题:
install.packages("textshaping")
报错原因是缺了两个东西,一个叫做
No package 'harfbuzz' found,另外缺少一个No package 'fribidi' found:
如果你输入install.packages('harfbuzz')来安装的话,会出现下面的报错,证明'harfbuzz'这个包不是这样安装的,至少你要指定它的安装源:
找到textshaping
的安装源,将textshaping-0.3.7.tar.gz文件下载到电脑上,然后手动安装这个包:
手动安装方法是,点击rstudio软件右边的Packages按钮,然后会弹出下图的界面,选择你下载到电脑的textshaping-0.3.7.tar.gz文件,然后点击“Install”按钮即可手动安装:
可是,我发现,安装textshaping-0.3.7.tar.gz时依然报错:
报错原因依然是缺了两个东西,一个叫做
No package 'harfbuzz' found,另外缺少一个No package 'fribidi' found。
首先去github下载下面的这个文件,然后在Rstudio手动安装它:
harfbuzz-8.4.0.tar.gz
发现还是报错。
最后解决“安装程序包‘textshaping’时退出狀態的值不是0”的方法
终端输入下面的命令:
sudo apt install libharfbuzz-dev libfribidi-dev libtiff5-dev
如果出现下图的“依赖关系”提示,则用下面的命令解决:
然后Rstudio手动安装textshaping-0.3.7.tar.gz文件即可(见下图,成功解决textshaping)。
第5步,解决“安装程序包‘ragg’时退出狀態的值不是0”
下载ragg这个安装包,地址见下图:
手动安装这个ragg的gz安装包,就可以解决问题了:
第6步、解决“ 安装程序包‘tidyverse’时退出狀態的值不是0”
在rstudio里面,用下面的命令安装:
install.packages("tidyverse")
看见done(tidyverse)代表安装成功:
第7步、再次安装DEP
在Rstudio依次输入下面的命令来安装DEP:
library(ncdf4)
library(mzR)
library(MSnbase)
library(ragg)
library(textshaping)
library(tidyverse)
BiocManager::install("DEP")
看见done(DEP)代表安装成功:
全文完,谢谢观看。
作者声明本文无利益相关,欢迎值友理性交流,和谐讨论~
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