马尔代夫水屋的排污系统经过多重处理，污水会被排放到远离度假岛的深海，对海洋生态系统影响不大。部分岛屿会将污水运送到工业岛进行综合处理，确保水屋周围的水域干净，游客可以放心进行水下活动。