长期跑步时，选择合适的跑鞋、保持正确的跑步姿势、合理安排跑步强度和频率、进行热身和拉伸、选择柔软的路面跑步、加强腿部和核心肌肉训练，以及使用护膝等措施，可以有效保护膝盖，预防受伤。