细菌在水族箱中扮演复杂角色。有益细菌如硝化菌、枯草芽孢杆菌和酵母菌对维持水质和鱼类健康至关重要，而有害细菌如大肠杆菌和霍乱弧菌则威胁鱼类健康。为控制有害细菌，采取包括强大过滤系统、避免富营养化、定期维护水族箱、减少人为污染源、利用蛭弧菌和杀菌灯、选择新鲜细菌产品等措施。不过，杀菌灯和杀菌剂可能同时杀死有益细菌。